1952年,中央人民政府農業部獸醫生物藥品監察所成立。建所之初,中監所組織專家技術會議審查評議新生物制品。
1973年,中監所組織新制品鑒定會,承擔新獸醫生物制品的技術審查工作。
1980年,根據《獸藥管理暫行條例》,由省、自治區、直轄市畜牧(農業)局批準新研制的獸藥中成藥和中、西獸藥制劑,并報農業部備案。
1983年,農業部成立獸醫生物制品規程委員會,承擔了新生物制品的技術審查工作。
1987年,中監所設立獸藥典辦公室,并成立進口及新化藥審評小組和進口動物生物制品審評小組,負責進口化藥、動物生物制品及國內新化藥、抗生素等的審查和評議工作。
1991年,農業部第一屆獸藥審評委員會成立,下設化學藥品(包括抗生素、生化制品、放射性藥品)、中藥、生物制品三個分委員會。
1996年,農業部第二屆獸藥審評委員會成立,下設化學藥品、生物制品兩個分委員會。
1999年,農業部第三屆獸藥審評委員會成立,并頒布農業部獸藥審評委員會章程,下設化學藥品、生物制品、中藥三個分委員會。
農業部獸藥審評委員會下設辦公室,掛靠在中監所,與中國獸藥典辦公室合署辦公,具體負責獸藥典和新獸藥審評工作。
2005年,農業部組建第四屆獸藥審評專家庫,分設生物制品專業組、化學藥品藥學專業組、化學安全評價與統計專業組、中藥專業組、魚蠶蜂用藥組、臨床組。中監所內設機構改革,成立審評中心。
2006年,農業部在中監所加掛農業部獸藥評審中心牌子,設立獸藥評審一處、獸藥評審二處、獸藥評審三處,分別負責化學藥品、中藥和生物制品的技術評審工作。
2007年,中監所內設機構調整,獸藥評審一處、獸藥評審二處合并為化藥評審處,獸藥評審三處更名為生藥評審處。
2009年,農業部第五屆獸藥審評專家庫建立,下設生物制品專業組、化學藥品專業組(含藥學與檢驗、安全評價與統計、少數用藥與少數動物)、中藥藥品專業組(含中藥藥學、中藥臨床)。
2013年,農業部第六屆獸藥審評專家庫建立,下設生物制品專業組、化學藥品專業組(分化學藥品藥學組、安全評價組、少數動物用藥與少數動物組[水產、蠶藥、蜂藥、寄生蟲與小動物臨床])、中藥專業組(中藥藥學專業組、中藥臨床組)、共用專業組(畜產品安全、生物統計、環境、實驗動物等專業)。
2017年,農業部第七屆獸藥審評專家庫建立,下設生物制品專業組、化學藥品專業組(含化學藥品藥學、藥理毒理代謝、臨床殘留與生態評價、少數動物用藥與少數動物組[水產、蠶藥、蜂藥、寄生蟲與小動物臨床])、中藥專業組(中藥藥學專業組、中藥臨床組)。
2018年,農業部獸藥評審中心更名為農業農村部獸藥評審中心。
2021年,根據農業農村部公告(第392號),農業農村部獸藥評審中心建立實施專職評審與專家咨詢相結合的獸藥注冊評審工作制度。獸藥注冊評審員分首席評審員、高級評審員、中級評審員和助理評審員四級。